کانون علمی فرهنگی افلاکیان بدون وابستگی به هیچ یک از ارگان‌های رسمی، به صورت جهادی و خودجوش نوجوانان و جوانان را برای آینده نظام تربیت می‌کند که خروجی آن، ورود جوانان به حوزه‌های علمیه، سپاه، دانشگاه‌های معتبر کشور و … است.