تشخیص قطعی بحران هویت جنسی بر عهده روانشناس یا روان پزشک است. آنها بر اساس پرسشنامه ها، گفتگوهای طولانی با مراجع و آزمون های تشخیصی متعدد نتیجه می گیرند که یک فرد دچار اختلال هویت جنسی است یا نه.